由于这些虫洞星系未得到完全的勘察，当指挥官进入到其中之后，则无法再通过星图来查看自己当前的位置，只能凭着指挥官的经验和嗅觉再其中探索。
从目前已知的虫洞信息来看，在虫洞中，指挥官可以通过内部的虫洞星门来进行星系的跨越，这些内部的星门根据它们所连接到的星系进行了命名。和第二银河宇宙中人造星门不同的是，虫洞的星系链接星门都是单向的，也就是说指挥官无法在穿越到下一个星系后原路返回，并且每一个星门周围都徘徊者一些会攻击来访者的敌舰，需要格外小心。
空间扭曲对舰船的影响
虫洞中存在着一种特殊的空间扭曲效果，会影响指挥官舰船的电量回复能力，这个空间扭曲效果随着舰船在虫洞中停留的时间会逐步加重，当该效果到达十层之后，舰船将会变得异常脆弱，几乎丧失了电量回复能力，所以此时只能通过虫洞中人造的回归信标设施来回到穿越虫洞之前的所在星系。
探索各类虫洞信号
每个虫洞星系中，存在着大量的信号坐标，指挥官可以通过总览向这些坐标点跃迁，坐标点往往会有特殊事件发生，除了只有在虫洞才会出现的敌舰以外，还能遇到一些有趣的冒险家，他们希望得到指挥官的帮助，如果指挥官解决了他们的问题往往能够得到意想不到的收获，包括各类破译补给箱或者某些特殊的船体强化效果，让指挥官后续的虫洞探索更为顺利。
总的来说虫洞是一个危险和机遇并存的地方，只有等到指挥官亲自探索之后才能真正体会虫洞的神秘和广阔。
